Эксперту возмещаются расходы, понесенные им в связи с явкой в арбитражный суд — расходы на проезд, аренда жилого помещения, суточные (ч. 1 ст. 107 АПК).

Выплата сумм за производство экспертизы осуществляется по согласованию вознаграждения с лицами, участвующими в деле, и самим экспертом. На практике экспертное учреждение представляет сведения о возможности проведения экспертизы, обоснованные затраты времени на производство судебной экспертизы, расчет вознаграждения с учетом стоимости эксперто-часа, и сопутствующие расходы (затраты на реактивы, материалы, амортизацию оборудования и т.п.), если осуществляются дополнительные исследования.

Деньги, причитающиеся за проведение экспертизы, вносятся стороной, ходатайствующей о ее производстве, на депозитный счет суда в срок, установленный судом. Если об экспертизе ходатайствует обе стороны, то деньги вносятся в равных частях каждой из сторон.

Если деньги в срок не внесены, суд вправе отклонить ходатайство о проведении экспертизы. Однако закон содержит одну, но очень существенную оговорку: “если дело не может быть рассмотрено и решение принято на основании других представленных сторонами доказательств” (ст. 108 АПК).

Возникает естественный вопрос, как должен поступить суд, если стороны отказываются оплатить расходы по экспертизе, а без заключения эксперта дело не может быть рассмотрено по существу. Представляется, что в подобных случаях суд имеет право возвратить исковые документы без рассмотрения.

Предварительно исковое заявление может быть рассмотрено без движения с установлением стороне (сторонам) срока внесения на депозит суда сумм на оплату экспертизы. Если в этот срок деньги не будут внесены, суд возвращает стороне исковое заявление (ст. 128 АПК, ст. 129 АПК).